Ein Hauptvorteil der atypischen Neuroleptika gegenüber den klassischen Substanzen ist, dass sie weniger bis keine extrapyramidal-motorischen Störungen hervorrufen, die für den Patienten eine erhebliche und stigmatisierende Belastung sind. Blutbildveränderungen, kardiale Risiken, Gewichtszunahme, diabetogene Potenz und Erhöhung der Prolactin-Spiegel treten bei atypischen, aber teilweise auch bei klassischen Neuroleptika auf. Die klinische Bedeutung kann individuell schwanken, beispielsweise toleriert der eine Patient 5 kg Gewichtszunahme, ein anderer würde 2 kg nicht in Kauf nehmen. Auch Patienten-individuelle Risikofaktoren beispielsweise für kardiale Komplikationen oder für Diabetes mellitus sollen bei der Arzneimittelauswahl einbezogen werden.
